不过在秦始皇那里，这些都不成问题。对于秦始皇来说，统一和集权是同一个问题的两个方面，专制则正是他梦寐以求的东西。当然，专制与帝制并不能打等号。不是皇帝也可以独裁（如萨达姆），有皇帝也未必专制（如君主立宪），但没有皇帝的帝国总归不像帝国，有一个皇帝的称号总归更加便于集权（这其实是袁世凯冒天下之大不韪公然称帝的原因之一）。因为它不但意味着决策权和审批权，还意味着立法权、司法权、监督权和最高裁判权，简直就是集天下一切权力于一身，岂非集权？
那么，皇帝有什么理由拥有这样一种绝对权力呢？没有。不但无理，而且有害。事实上，皇帝这种不受监督和制约的绝对权力，正是导致许多王朝覆灭的重要原因。这一点我们以后还要再说。何况历史上的皇帝也五花八门。有汉献帝那样的傀儡皇帝，有晋惠帝那样的白痴皇帝，有明万历那样的罢工皇帝，还有许许多多几岁就登基的娃娃皇帝。然而，尽管这些皇帝实际上并不起什么作用，却没有一个人说不要皇帝，或者可以架空皇帝。这说明什么呢？只能说明人们需要皇帝。有这么一个最高仲裁者在，至少让人觉得公平和公正还有希望（比如还可以“告御状”），让人觉得阳光和雨露总有一天会从天而降，刀兵盗匪之类的无妄之灾则可以幸免。总之，有一个皇帝，我们就可以“做定了奴隶”，并享受太平。至于那些掌握了实权的阴谋家野心家，则可以“挟天子以令诸侯”，为自己攫取最大的利益。所以大家都要皇帝。一旦天下大乱，人们盼望“真命天子”的出世，就会如久旱之望云霓；而一旦所谓“真命天子”君临天下，人们则不知欢欣雀跃为何如。
秦始皇的称帝正是顺应了这种要求。而且，他还为天下黎民派去了牧守。每郡设守（行政长官）、尉（军事长官）、监（监察专员）各一人，县则有县令或县长（大县叫县令，小县叫县长）。他们由中央政府直接任命，代表皇帝把帝国的阳光和雨露洒满人间。中枢机关则设立了丞相、太尉和御史大夫。丞相总揽百官，相当于帝国的郡守；太尉掌握军事，相当于帝国的郡尉；御史大夫负责监察，相当于帝国的郡监。这样，从中央到地方，行政、军事、监察三权并列的“官员代理制度”，就在全国范围内建立起来了。事实上，帝国的各种官制，包括司法制度、行政制度、监察制度和军事制度，差不多都是秦草创的。秦，确实是帝国制度的始作俑者，是它首屈一指的著作权人。
这些新政和商鞅的新法一样，也是不准议论的。据《史记·李斯列传》，公元前213年（秦始皇三十四年），一个名叫淳于越的齐国人，在一次国宴上“以古非今”，重提封建，说殷、周两代之所以都能够延续千年之久，就因为他们都分封了子弟和功臣。如今陛下自己当了皇帝（陛下有海内），凤子龙孙们却变成了平民（子弟为匹夫），恐怕甚为不妥。为什么呢？因为“事不师古而能长久者，非所闻也”。秦始皇要李斯发表意见。这时的李斯，职务已是丞相。担任丞相的李斯并没有就事论事。他的想法，是要借此机会根除一切议论国是的可能。于是李斯上书说，现在政令不行，议论纷纷，全因为思想不统一，学术太自由。人们不接受官方号令，反倒欣赏民间思想（人善其所私学），并据此非议朝廷的制度（以非上之所建立）。一听说朝廷有什么政令颁布（闻令下），就根据民间思想发表看法（各以其学议之）。他们上朝的时候在心里诽谤（入则心非），下朝以后在街上乱讲（出则巷议），甚至靠非议皇帝出名（非主以为名），以持不同政见为誉（异趣以为高），带头制造流言蜚语（率群下以造谤）。长此以往，势必君王威望尽失（主势降乎上），民间结党营私（党与成乎下）。因此，唯有禁绝私学，才能正本清源，从根本上解决问题。
秦始皇认同李斯的意见。于是下令，除官方藏书、秦国国史和医药、卜筮、农作之书外，私人所藏文艺哲学诸子百家之书一律焚毁，有胆敢聚谈诗书的斩首，以古非今的灭族。这就是焚书。一年后，秦始皇又因方士侯生、卢生等人拒绝为其寻药而逃亡，一怒之下活埋儒生四百六十余人。这就是坑儒。
统一大业使秦始皇名扬千古，焚书坑儒则让他背上万世骂名。于是此君便成为中国历史上最有争议的人物之一。敬之者恨不能追随左右步其后尘，仇之者则恨不得鞭尸扬灰食肉寝皮。但秦始皇不知道这些，便是知道了大约也不会在乎。在他看来，有了中央集权和官员代理这两个制度，又封住了天下人“以古非今”的嘴巴，便完全可以建立一个“永恒的帝国”了。他甚至得意洋洋地说：“朕为始皇帝，后世以计数，二世三世至于万世，传之无穷。”（《史记·秦始皇本纪》）这倒也不能说是他狂妄自大。因为障碍已经扫除，制度已经建立，所有的财力、权力和武力都集中在他手里，正所谓“良将劲弩守要害之处，信臣精卒陈利兵而谁何”（《过秦论》），他的帝国没有理由不万寿无疆。
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